Ειδική Διατμηματική Επιτροπή και Συντονιστική Επιτροπή
To ΔΠΜΣ διοικείται από Διευθυντή και Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ), τα μέλη της οποίας ορίζονται από τις συμμετέχουσες Σχολές. Η τρέχουσα ΕΔΕ ορίστηκε τον Σεπτέμβριο τοθ 2020. Η παρακολούθηση και ο συντονισμός της λειτουργίας του ΔΠΜΣ πραγματοποιείται από τη Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ). Ο εκάστοτε Διευθυντής μαζί με τον Αναπληρωτή Διευθυντή εκλέγεται από την ΕΔΕ.
Από την ίδρυση του ΔΠΜΣ (Σεπτέμβριος του 1998) διετέλεσαν Διευθυντές του ΔΠΜΣ οι ακόλουθοι:
1998-2004 Καθηγητής Θ. Ξανθόπουλος.
2004-2008 Καθηγητής Γ. Χριστοδούλου.
2008-2010 Καθηγητής Α. Ανδρεαδάκης.
2010-2014 Καθηγήτρια Μ. Μιμίκου.
2014-2016 Καθηγητής Γ. Χριστοδούλου.
2016-2018 Καθηγητής Α. Στάμου.
2018-2020 Καθηγητής Α. Στάμου.